課程資訊
課程名稱
R在生態資料分析之應用
Ecological Data Analysis in R 
開課學期
105-2 
授課對象
理學院  海洋生物及漁業組  
授課教師
單偉彌 
課號
Ocean5098 
課程識別碼
241EU5050 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期二6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
115研討室 
備註
本課程以英語授課。
總人數上限:10人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1052Ocean5098_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

This course is designed to teach the usage of R for the analysis of ecological data. It will introduce students to several different analysis options for biological or ecological data (focusing specifically on community-level data) using the free & open-source statistical, mapping, and graphing platform R. Broad topics covered will include: introduction to R language and basic functions / graphics; basic mapping options; diversity measurement; univariate, multivariate, parametric and non-parametric analysis and their basis; functional diversity; and ecological time series analysis. Students will require a laptop for sessions. Schedule is subject to changes according to student progress. 

課程目標
待補 
課程要求
Basic knowledge in ecology, biology and informatics
Laptop 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
Borcard D, Gillet F, Legendre P (2011) Numerical ecology with R. Springer-Verlag New York, 306 p. DOI 10.1007/978-1-4419-7976-6

Paradis E (2002) R for Beginners, Institute des Sciences de l'Evolution University Montpellier II (2002), 72p. Available at http://www.cs.uml.edu/~grinstei/vis2010/R-project%20Documents/Rdebuts_en.pdf

Zuur A, Ieno EN (2007) Analyzing ecological data. Springer-Verlag New York, 672 p. DOI 10.1007/978-0-387-45972-1
 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/21  Ecological data analysis in R: Intoduction
 
第2週
2/28  No class - 2/28 holidays 
第3週
3/07  Data manipulation 
第4週
3/14  Graphics 
第5週
3/21  Loop, function, and basic models 
第6週
3/28  Mapping, GIS basics
 
第7週
4/04  Spring Holidays - no class 
第8週
4/11  Descriptive statistics 
第9週
4/18  Statistical modeling 
第10週
4/25  Conference - No class 
第11週
5/02  GLMs 
第12週
5/09  Multivariate analyses in ecology (1)
 
第13週
5/16  Multivariate analysis in ecology (2) 
第14週
5/23  Multivariate analysis in ecology (3) 
第15週
5/30  Dragon boat - no class 
第16週
6/06  Multivariate analysis in ecology (4) - unconstrained ordination / part 2 
第17週
6/13  Multivariate analysis in ecology (5) - constrained ordination